Махмудов Мудафия Джамиль оглу родился 17 октября 1945 года в с. Гызыл-Шафаг Сисианского района Армянской Республики.
В 1962 г. окончил среднюю школу №4 им. М.Т.Сидги в г. Нахчивань, а 1967 г. – физико-математический факультет Азербайджанского государственного педагогического университета.
В 1967 г. с отличием окончил АГПУ, поступил на работу в Институт математики и механики АН Азербайджанской ССР. С 1980 г. – младший научный сотрудник, с 1981 г. по 1989 г. старший научный сотрудник.
В 1969-1973 гг. учился в аспирантуре Института математики и механики АН Азербайджанской ССР по специальности «Дифференциальное уравнение и математическая физика». Защитил кандидатскую диссертацию под руководством академика Ф.Г.Максудова и члена-корреспондента АН Азербайджанской Республики М.Г.Джавадова.
С 1989-2006 г. – доцент кафедры высшей математики Азербайджанского технического университета и председатель научно-методического совета кафедры.
В 2009 г. защитил докторскую диссертацию на тему «Пути и способы совершенствования преподавания курса математики в теоретическом и практическом направлениях в высших технических школах».
Автор более 120 научно-педагогических работ, в том числе более 20 учебных пособий и 8 монографий, среди них – пособия для вузов: «Высшая алгебра и элементы линейной алгебры», «Алгебра и аналитическая геометрия», «Система образования в Азербайджане и во всем мире», а также монографии по курсу методики преподавания актуальных проблем высшей математики в технических университетах.
С 2004 г. – директор, профессор и заведующий кафедрой математики и естественных наук Бакинского филиала Днепропетровского национального университета.
Член партии «Йени Азербайджан» с 1993 г. Женат. Имеет троих детей.